在制備中丟失的蛋白質是永遠不可能在后面的實驗中彌補回來的。蛋白質樣品制備是許多實驗重要的第一步。為什么要進行樣品的制備？電泳的目的不就是分離嗎？剛剛接觸時有這樣的疑問。然并卵，由于雙向電泳一般只能分辨到 1000-3000 個蛋白質點，而樣品蛋白質的種類可是高達 10 萬種以上，因此樣品的預分離制備是必須的。下面就來講講分離制備蛋白樣品時，你必須知道的那三件事。

1. 選對酶抑制劑，避免蛋白質降解 

牢記最小限度的減少蛋白水解和其它形式的蛋白降解是制備樣品的第一步，這一步看似簡單，但是操作中一旦方法不當，就有可能會丟失樣品中的蛋白和導致蛋白被修飾。 

大家可能都知道在提取蛋白質時要添加蛋白酶抑制劑抑制蛋白酶降解。但是有人可能會說，我明明加了 PMSF，怎么曝光出來的條帶和內參效果幾乎一樣啊，然而 PMSF 并不是萬能的，你的目的蛋白是磷酸化的還是非磷酸化的呢？如果是磷酸化的蛋白，那么你就得換一個酶抑制劑了，羅氏的Cooktail對磷酸化的目標蛋白效果不錯；為了減少溫度對蛋白質的影響，一定不能忘記低溫操作！

2. 富集蛋白有妙招 

只要你的實驗室有一臺轉速可以超過 12000r/min 的離心機，那么就可以選用簡單綠色的蛋白質富集方法：超速離心法。一般它能滿足你 WB 所需蛋白的要求。常用的蛋白質富集和純化方法是用丙酮、TCA、乙醇、異丙醇、氯仿/甲醇、硫酸銨、聚乙烯乙二醇(PEG)或親和層析試劑盒。然而當你需要 HPLC-MS 的蛋白樣品時，2D-PAGE 電泳能夠將不同分子量和等電點的蛋白質分離，那么你的質譜圖就再也不會只是一坨黑了！

3. 去除雜質步驟不可少 

為什么我的質譜圖雜帶比主帶還多，主峰去哪兒了，找不到！曝光出來的條帶像一張過敏臉，亂七八糟的！實驗中處理用的緩沖液、鹽、清潔劑等都會影響蛋白質分離，顯色等步驟，還會干擾質譜分析，影響條帶灰度值的計算，所以去除緩沖液、鹽和清潔劑類雜質顯得尤為重要。去除鹽類經常是通過透析、超濾、膠過濾、TCA 沉淀或者有機溶劑和固相萃取等；樣品中廣譜的清潔劑，離子交換層析可有效地去除非離子和兩性清潔劑；類似于鹽類，脂質廣泛存在于生物的體液中。許多蛋白質會結合脂質，從而降低溶解性，甚至影響等電點和分子量。丙酮沉淀或結合 TCA/丙酮可以有效去除脂質；多聚糖和核酸可能和兩性電解質反應，造成雙向電泳膠上紋理的出現、使膠的背景產生拖尾和堵塞聚丙烯酰胺膠上的小孔。用 TCA、丙酮 苯或酚/醋酸銨沉淀后離心從樣品中除去多聚糖是還是很有效的。